Точная дата создания Варненского районного архива не установлена. Но, на основании имеющейся копии Постановления президиума Челябинского областного исполнительного комитета от 09 февраля 1935 года «Об организации районных архивов», имеется следующая информация: В целях полного охвата Челябинской области сетью районных архивов и правильного их территориального размещения по области в отношении объединения тех районов, которые имеют наиболее ценные архивные материалы, установить следующую сеть межрайонных архивов по Челябинской области:- Магнитогорск: С обслуживанием районов – В.Уральского, Брединского, Варненского, Кизильского, Нагайбакского, Пластовского и Агаповского (Р – 274, оп.3, д.381. л.л.6 - 7). С февраля 1939 года все архивы подчинялись Управлению НКВД (УВД) Челябинской области.

На основании документов хранящихся архивном отделе Варненского муниципального района первые упоминания об Архиве имеются в книге протоколов исполкома Варненского Райсовета депутатов трудящихся за 1941 год впервые упоминается об архиве Варненского района, в Протоколе №15 от 27 марта 1941 года (ф.31, оп.1, д.6, л.171) имеется заявление Зав. Архивом об увеличении заработной платы и уборки помещения архив. Кроме того, в книге приказов общего отдела Варненского райисполкома (ф.31, оп.2, д.1, л.26) в приказе № 12 от 3 августа 1945 года. Согласно данного приказа, архивариусу Забоенко Харлампию Романовичу предоставляется отпуск за проработанный год – 1945, работающиму по 1962 год, после него работали Хасанова М.Ш., Мещанинова Л.В., Махмутова М.Г., Коннова В.Г., Махнарылова Л.И., Завалищина К.В., Репникова А.Е., Стеклова Л.Н., Якупова М.Х.( с 1972 по 1987 годы (Ф.31; оп.1; д.262, л.339, л.340), с 1987 по 1999 годы Нестерова Нина Григорьевна, с ноября 1999 года по октября 2010 года Посыпай Тамара Алексеевна. С октября 2010 года должность начальника архивного отдела занимает Колягин Вадим Владимирович.